中国传统村落存在的历史基础是传统社会伦理。在当下传统村落保护与发展过程中，现代社会理念的介入以及各种保护措施的实行，则会加剧传统伦理与现代理念两种生存样态的冲突。最好的选择是强调用适合乡村社会和文化发展的机制来进行文化保护，这是人类学的保护立场之一。传统村落保护性发展，在具体运作过程中，必须注重传统村落物质空间格局，以及旅游开发利用对乡村生活场景的持续性影响，形成“传统”与“现代”融合的保护性发展路径与体制机制。

　　在传统村落保护性发展进程中，各地政府做了大量卓有成效的工作，但仍然存在一些突出问题。

　　地方特色发掘整合不到位。大多数传统村落都存在很多富有地方特色的自然景观和建筑特色，且集中性强，这些都是得天独厚的优势，但在村落发展中却未能整合发展。比如，一些古宅、古屋、古井、拴马柱等都各具历史价值与文化价值，是重要的文物资源，同时具有观赏价值。将这些价值特色融合在一起，就会形成独特的旅游价值，为村落的发展与保护注入活力。目前，大部分传统村落古建筑的特色风景仍处于孤立状态，不能有机融合，没有凸显历史性与现代性整合发展的特色。

　　保护发展规划缺乏科学性。在进行基础和公共服务设施规划时，没有很好地对村庄自然环境条件进行科学配置。在村落保护范围内，虽然采取了“修补、修复、完善、提升”措施，但因在保护范围边界的具体工作中没有合理地进行规划安排，不能满足生产生活和发展需要，存在规划设施破坏村落原有历史文化肌理的问题。

　　原住居民参与度低。传统村落的保护与发展，其主体应该是原住民。然而，村落的原住居民在村落保护和发展实践中基本没有发言权，无论是保护资金的投入，还是进行旅游开发的相关讨论及运作，基本都是由政府主导。一方面由于村民对自身所在传统村落价值认识不够，缺乏保护和危机意识；另一方面，政府主导保护，受政绩和经济利益导向的驱使，在开展保护工作中不把村民利益放在首位，导致村民对传统村落保护的漠视。

　　资金投入不足。传统村落的保护和发展需要大量的资金投入，才能在保持原有村貌的基础上不断更新改造。一些传统民居需要定期修缮和维护保养，成本较大，而政府出资修缮的专项资金非常有限，只能抢救性地对其中一些重点保护对象进行修缮维护。

　　产业发展缺乏动力。目前，大多数传统村落的产业发展出现“短板”，主要体现在两个方面：一是农业发展中的集体经济产业缺少活力；二是乡村旅游产业及产品特色不突出。村民主要靠打零工和务农获得经济收入，生产活动以家庭为单位，自产自销，大部分村落目前几乎没有能够支撑村落保护性发展的产业链和富有当地特色的旅游产品。